Doanh nghiệp FDI mới thành lập cần nộp những báo cáo thuế bắt buộc nào?

Năm đầu tiên của một doanh nghiệp FDI thường bận rộn với góp vốn, tuyển dụng, thuê văn phòng và chạy thử sản xuất. Nghĩa vụ thuế vì thế dễ bị đẩy xuống cuối danh sách, cho đến khi doanh nghiệp nhận thông báo phạt nộp chậm tờ khai đầu tiên. Từ 01/7/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP đã thay thế khung pháp lý cũ, nên các checklist soạn theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP cần được cập nhật. Dưới đây là danh sách những việc bắt buộc mà chúng tôi khuyến nghị mọi doanh nghiệp FDI mới thành lập rà soát.

Ngay sau khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp

• Mã số thuế: mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế. Kiểm tra thông tin đăng ký thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp và tài khoản giao dịch thuế điện tử.
• Hóa đơn điện tử: đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trước khi xuất hóa đơn đầu tiên, theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC (hai văn bản thay thế Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC từ 01/7/2026).
• Kỳ khai thuế GTGT: theo khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý. Từ năm sau, doanh nghiệp có tổng doanh thu năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống tiếp tục được chọn khai theo quý.
• Lệ phí môn bài: đã chấm dứt thu từ 01/01/2026 theo Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15, nên doanh nghiệp thành lập từ năm 2026 không còn phải khai, nộp khoản này.
• Tài khoản vốn đầu tư trực tiếp (DICA): việc góp vốn và chuyển lợi nhuận ra nước ngoài sau này đều đi qua tài khoản này theo Thông tư 06/2019/TT-NHNN. Góp vốn sai tài khoản là lỗi khó sửa về sau.
• Chế độ kế toán: từ năm tài chính bắt đầu từ 01/01/2026, áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC (thay thế Thông tư 200/2014/TT-BTC). Doanh nghiệp cần ban hành quy chế kế toán nội bộ phù hợp.

Nghĩa vụ theo tháng, quý và từng lần phát sinh

Với thuế TNDN tạm nộp, khoản 3 Điều 24 Nghị định 252/2026/NĐ-CP yêu cầu tổng số đã tạm nộp của 4 quý không thấp hơn 80% số thuế phải nộp theo quyết toán năm; phần thiếu bị tính tiền chậm nộp từ sau hạn tạm nộp quý 4. Năm đầu đa số doanh nghiệp FDI lỗ nên chưa phát sinh số tạm nộp, nhưng doanh nghiệp thương mại, dịch vụ có lãi ngay từ năm đầu cần lưu ý điểm này.

Nghĩa vụ theo năm

1. Quyết toán thuế TNDN: chậm nhất ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm tài chính (điểm a khoản 5 Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Với năm tài chính trùng năm dương lịch 2026, hạn là 31/3/2027. Khoản lỗ được chuyển sang các năm sau, liên tục không quá 5 năm.
2. Phụ lục thông tin giao dịch liên kết: doanh nghiệp FDI hầu như luôn có giao dịch với công ty mẹ hoặc công ty cùng tập đoàn (góp vốn, vay, phí dịch vụ, mua bán hàng). Phụ lục I theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP phải nộp cùng tờ khai quyết toán thuế TNDN; hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (nếu không được miễn) phải lập trước thời điểm kê khai quyết toán.
3. Quyết toán thuế TNCN: tổ chức trả thu nhập quyết toán cùng hạn với quyết toán năm (ngày cuối cùng của tháng thứ 3). Cá nhân, kể cả chuyên gia nước ngoài, tự quyết toán thì hạn là ngày cuối cùng của tháng thứ 4 kể từ khi kết thúc năm dương lịch.
4. Báo cáo tài chính được kiểm toán: báo cáo tài chính năm của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài bắt buộc phải được kiểm toán theo Điều 37 Luật Kiểm toán độc lập số 67/2011/QH12. Theo Điều 25 Thông tư 99/2025/TT-BTC, báo cáo tài chính năm phải nộp cho cơ quan có thẩm quyền chậm nhất 90 ngày kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm.
5. Báo cáo đầu tư: doanh nghiệp có dự án đầu tư thực hiện báo cáo định kỳ trên Hệ thống thông tin quốc gia về đầu tư theo pháp luật đầu tư (Luật Đầu tư số 143/2025/QH15 có hiệu lực từ 01/3/2026 và văn bản hướng dẫn).

Những lỗi thường gặp ở năm đầu

• Chi phí giai đoạn trước khi có doanh thu không được tập hợp và theo dõi đúng, dẫn đến tranh cãi về chi phí được trừ khi quyết toán.
• Thanh toán phí dịch vụ, bản quyền cho công ty mẹ nhưng không khai thuế nhà thầu nước ngoài trong 10 ngày.
• Chuyên gia nước ngoài sang công tác trước khi có hợp đồng lao động tại Việt Nam, thu nhập chưa được khai thuế TNCN.
• Chưa chọn được công ty kiểm toán trước khi kết thúc năm tài chính, dẫn đến trễ hạn 90 ngày nộp báo cáo tài chính.
• Hóa đơn đầu vào từ 5 triệu đồng trở lên nhưng thanh toán bằng tiền mặt, mất quyền khấu trừ thuế GTGT và không được tính vào chi phí được trừ.

Ví dụ minh họa: Một công ty TNHH vốn Nhật Bản được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp tháng 8/2026, chọn khai thuế GTGT theo quý. Tờ khai GTGT quý 3/2026 hạn ngày cuối cùng của tháng 10/2026; nếu ngày này rơi vào ngày nghỉ, hạn được lùi sang ngày làm việc tiếp theo. Tờ khai thuế TNCN quý 3 cùng thời hạn nếu đã trả lương. Quyết toán thuế TNDN và báo cáo tài chính đã kiểm toán cho năm 2026 nộp trong tháng 3/2027.

Kaizen có thể giúp gì?

Kaizen hỗ trợ doanh nghiệp vốn Nhật Bản, Hàn Quốc, Singapore ngay từ ngày đầu thành lập, từ đăng ký hóa đơn, lịch khai thuế đến quyết toán và chuẩn bị kiểm toán. Hãy đăng ký chương trình kiểm tra sức khỏe thuế miễn phí để chúng tôi lập lịch tuân thủ riêng cho doanh nghiệp của bạn và rà soát các rủi ro thường gặp trong năm đầu.